Первоначально Пушкин, хотел написать роман, посвященный только пугачевскому движению, но цензура вряд ли пропустила бы его. Поэтому основной сюжетной линией повести становится служба молодого дворянина на благо отечества и любовь его к дочери капитана Белогородской крепости. Параллельно дается другая, так интересовавшая автора тема пугачевщины. Второй теме, несомненно, Пушкин отводит значительно меньше страниц, однако достаточно, чтобы раскрыть суть крестьянского бунта и познакомить читателя с предводителем крестьян Емельяном Пугачевым. Чтобы его образ был более достоверным, автору нужен был герой, лично знавший Пугачева и впоследствии вы сказавшийся бы относительно виденного. Таким героем стал Петр Гринев, дворянин, честный, благородный молодой человек. Нужен был дворянин, и именно благородный, с той целью, чтобы рассказанное им выглядело правдоподобно и ему поверили.
Детство Петруши Гринева ничем особенным не отличалось от детства других детей поместных дворян. Устами самого героя Пушкин с иронией говорит об обычаях старинного поместного дворянства: «Матушка еще была мною брюхата, как уже я был записан в Семеновский полк сержантом... Если паче всякого чаяния матушка родила дочь, то батюшка объявил бы куда следовало о смерти неявившегося сержанта, и дело тем бы и кончилось». Иронизирует автор и над учебой Петра Гринева: в пять лет к мальчику был приставлен в качестве дядьки Саве-льич — дворовый человек, которому такое доверие было оказано «за трезвое поведение». Благодаря Савельичу Петруша к двенадцати годам освоил грамоту и «мог очень здраво судить о свойствах борзого кобеля». Следующей ступенью в обучении стал выписанный из Москвы «вместе с годовалым запасом вина и прованского масла» француз мосье Бопре, который должен был учить мальчика «всем наукам». Однако из-за того, что француз сильно увлекался вином и прекрасным полом, Петруша оказался предоставлен самому себе. По достижении сыном семнадцати лет отец, исполненный чувства долга, отправляет Петра послужить на благо родины.
Описания самостоятельной жизни Петра Гринева уже лишены иронии. Из предоставленного самому себе и простому русскому крестьянину Савельичу молодого человека получился благородный дворянин. Проигравшись по неопытности в карты, Петр ни за что не поддался уговорам Савельича упасть в ноги победителю с просьбой простить долг. Им руководит честь: проигрался — отдай. Юноша понимает, что должен отвечать за свои поступки.
Встреча с «вожатым» выявляет в Петре Гриневе такое чисто русское качество, как щедрость. Оказавшись во время пурги в степи, Гринев с Савельичем случайно наткнулись на человека, знавшего дорогу. Потом, уже на постоялом дворе, Петру Гриневу очень захотелось отблагодарить этого незнакомого человека. И он предложил ему свой заячий тулуп, который, по словам Савельича, стоил немалых денег. На первый взгляд поступок Гринева — проявление юношеской беспечности, но на самом деле это проявление благородства души, сострадания к человеку.
Прибыв на службу в Белогородскую крепость, Петр Гринев влюбился в дочь капитана крепости Машу Миронову. Благородство и честь не позволяют ему пропустить мимо ушей клевету, обращенную на его возлюбленную со стороны другого дворянина, Алексея Швабрина. Результат этого — дуэль, которая могла стоить Петру Гриневу жизни.
Автор не зря вводит в повесть умного, начитанного и вместе с тем подлого и бесчестного Швабрина, причем тоже дворянина. Сравнивая двух молодых офицеров, Пушкин утверждает, что высокая нравственность — не удел людей отдельного сословия, и тем более она никак не связана с образованностью: подлецами могут быть дворяне, а благородство может быть отличительной чертой простого человека, Пугачева например.
Не заставила пушкинского героя изменить идеалам морали и возможность казни. Он не переходит в лагерь противника, чтобы сохранить жизнь, слишком хорошо усвоил он слова, сказанные в напутствие отцом: «Береги платье снову, а честь смолоду». Честен Гринев и в разговоре с Пугачевым: «Я природный дворянин; я присягал государыне императрице: тебе служить не могу». Более того, на вопрос Пугачева, может ли Гринев дать обещание не идти против него, если прикажут, юноша с той же искренностью и прямотой ответил: «Как могу тебе в этом обещаться... Сам знаешь, не моя воля: велят идти против тебя — пойду, делать нечего. Ты теперь сам начальник; сам требуешь повиновения от своих. На что это будет похоже, если я от службы откажусь, когда служба моя понадобится?».
Искренность Гринева поразила Пугачева. Проникшись уважением к молодому человеку, он отпускает его. Разговор Пугачева с Гриневым очень важен. С одной стороны, он показывает благородство дворянина, с другой — такое же качество его противника: оценить другого человека по достоинству может только равный.
Все то же благородство, а также любовь и нежная привязанность не позволяют Гриневу назвать на суде имя Маши Мироновой, а ведь это могло многое объяснить в истории с Пугачевым, избавить от заключения.
События в повести излагаются от лица Гринева, который спустя много лет рассказывает о двух годах из своей жизни, о встрече с Пугачевым. Повествователь стремится рассказать все без преувеличений, объективно. Пугачев в его глазах не выглядит сущим зверем. И мы верим ему, мы не можем не верить: слишком хорошо знаем мы этого человека — благородного, честного, справедливого. И мы задумываемся: кто же на самом деле этот Пугачев и что же это такое — пугачевщина?..